대신동교회 중보기도 사역은 2003년 1월부터 2009년까지 6회의 중보기도 사역 세미나를 실시하여 250여명의 성도들이 중보기도 사역자로 헌신하고 있다. 2010년 1월 현재 22기 중보기도 사역(오전6시~오후9시)이 진행되고 있다. 대신동 교회의 중보기도 사역은 담임목사의 사역 철학 중 우선이 되고 있는 사역이다. 지금까지 대신동 교회에서 중보기도 사역이 체계적으로 진행될 수 있는 배경에는 담임목사가 이 사역에 열정을 가지고 우선순위를 두고 강조하고 인도해 왔기 때문에 가능했다.

대신동교회의 중보기도 사역은 중보기도실 운영이 중심이다. 중보기도실 사역은 개인적으로 중보기도의 시간을 갖는 차원을 넘어 전 교회의 기도제목과 역량을 중보기도실로 모아 집중해서 체계적이고 전략적인 기도사역을 실시함으로 교회의 개인 필요만 아니라 사역의 필요, 그리고 지역과 세계의 필요를 함께 효과적으로 기도하게 되는 것이 그 목적이다. 성도들이 사는 지역과 교회의 거리 때문에 24시간 중보기도실 운영은 어렵지만 아침 6시부터 오후 9시까지 매 한 시간 간격으로 중보기도실이 운영된다. 중보기도실에서는 영혼구원, 병자를 위한 기도, 자녀 및 진로를 위한 기도, 국가를 위해서 또한 선교를 위한 기도, 사역자를 위한 기도 등 주제별로 요청된 기도제목을 긴급한 기도, 일반적이 기도로 나누어 훈련된 중보기도자들이 적절한 규칙을 따라 기도하게 된다. 한시간 간격으로 이어지는 기도 시간은 담임목사님을 포함한 사역자들도 함께 참여하는데 중보기도실에서 진행되는 기도를 통해 많은 기도제목들이 응답되고 교회와 성도들에게 큰 힘과 축복이 되어 왔다.